复杂网络的涨落:单蛋白纳米器件的电学性质
分子网络
2009-11-10 v1 其他凝聚态物理
生物物理
其他定量生物学
摘要
我们首次提出一种复杂网络方法来研究单蛋白器件的电学性质。具体地,我们考虑一种基于 G 蛋白偶联受体的电子纳米生物传感器。通过采用粗粒化描述,该蛋白被建模为初等阻抗的复杂网络。每个氨基酸的 α-碳原子位置被视为网络的节点。假定氨基酸之间发生电学相互作用。因此,在给定距离内空间相邻的任意节点对之间绘制一条连边,并为每条连边关联一个初等阻抗。该阻抗的值可关联于氨基酸对及其相对距离的物理与化学性质。相应地,配体捕获所诱导的受体构象变化被转化为其电学性质的变化。网络初等阻抗值中的随机涨落(模拟不同物理效应)亦被考虑。给出并讨论了关于网络阻抗谱及其涨落的初步结果,涉及模型参数的不同取值。
引用
@article{arxiv.q-bio/0406018,
title = {Fluctuations of Complex Networks: Electrical Properties of Single Protein Nanodevices},
author = {C. Pennetta and V. Akimov and E. Alfinito and L. Reggiani and G. Gomila},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0406018},
year = {2009}
}
备注
16 Pages and 10 Figures published in SPIE Proceedings of the II International Symposium on Fluctuation and Noise, Maspalomas,Gran Canaria,Spain, 25-28 May 2004