AFLP标记进化与系统发育推断中的替换和插入缺失过程建模
应用统计
2009-06-08 v1 基因组学
摘要
扩增片段长度多态性(AFLP)方法从整个基因组中产生匿名遗传标记。我们将AFLP进化的核苷酸替换模型扩展到额外包含插入和缺失过程。新的Sub-ID模型放宽了标记独立且同源的常见假设。我们构建了一种针对Sub-ID模型量身定制的马尔可夫链蒙特卡洛方法，以实现贝叶斯方法来推断AFLP标记进化。该方法使我们能够推断系统发育以及可能同源的标记子集。此外，我们还可以推断插入缺失与替换的全基因组相对速率。在一个使用来自莎草（一种北美常见的草状植物）的AFLP标记的案例研究中，我们发现考虑插入和缺失会对系统发育推断产生影响。拓扑结构的推断对先验设置和用于核苷酸替换的Jukes-Cantor假设不敏感。我们引入的插入和缺失模型在其他系统发育应用中具有潜在价值。
引用
@article{arxiv.0906.1094,
title = {Modeling substitution and indel processes for AFLP marker evolution and phylogenetic inference},
author = {Ruiyan Luo and Bret Larget},
journal= {arXiv preprint arXiv:0906.1094},
year = {2009}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/08-AOAS212 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)