分子进化的随机替换-插入-删除(RSID)模型及免比对参数估计
种群与进化
2011-02-10 v1 定量方法
摘要
我们提出了一个处理生物学上精确的分子进化模型的综合性新框架。该模型为研究分子进化模型提供了一个系统框架，这些模型实现了异质性速率、阅读框保守性、不同的插入和删除速率、替换、插入和删除的概率和类型的可定制参数化，以及邻域依赖性。我们以无限状态马尔可夫链的形式陈述了该模型，以最大化可用于模型分析的有用定理的数量。我们利用这些定理开发了一种免比对的参数估计技术。这种免比对技术规避了许多与依赖比对的估计相关的细微问题。然后，我们应用我们模型的实现，以完全免比对的方式重现了Zhang和Gerstein (2003)关于人类核糖体蛋白假基因中插入缺失长度分布的一些观测结果。
引用
@article{arxiv.1102.1897,
title = {Random Substitution-Insertion-Deletion (RSID) Model of Molecular Evolution with Alignment-free Parameter Estimation},
author = {David Koslicki},
journal= {arXiv preprint arXiv:1102.1897},
year = {2011}
}
备注
14 pages