细菌 DNA 建模：包含螺旋结构转变的自回避超螺旋蠕虫状链模拟
生物物理
2017-08-08 v1 生物大分子
摘要
在超螺旋约束下，裸露 DNA（如细菌 DNA 的大部分）折叠成称为超螺旋体的编织结构。双螺旋还可以经历局部结构转变，导致变性气泡和其他替代结构的形成。人们已经开发了各种聚合物模型来捕捉这些特性，其中 Monte-Carlo (MC) 方法专门用于推断热力学性质。在本章中，我们说明了如何执行此类 Monte-Carlo 模拟，并遵循两个目标。一方面，我们介绍了自回避超螺旋蠕虫状链（ssWLC）模型，该模型已知能够捕捉超螺旋 DNA 的折叠特性，并提供了对标准 MC 模拟方法的详细解释。另一方面，我们说明了如何扩展此 ssWLC 模型以包含螺旋的结构转变。
引用
@article{arxiv.1708.02194,
title = {Modeling Bacterial DNA: Simulation of Self-avoiding Supercoiled Worm-Like Chains Including Structural Transitions of the Helix},
author = {Thibaut Lepage and Ivan Junier},
journal= {arXiv preprint arXiv:1708.02194},
year = {2017}
}
备注
Book chapter to appear in The Bacterial Nucleoid, Methods and Protocols, Springer series