DNA 序列自由能景观分析的介观模型
生物物理
2012-08-21 v1 生物大分子
摘要
本文提出了一种介观模型，用于识别和量化 DNA 序列中结合位点的强度。该模型基于 Peyrard-Bishop-Dauxois DNA 链模型，并耦合一个布朗粒子；该粒子在探索序列时，与 DNA 链中开放的碱基对发生更显著的相互作用。我们将该模型应用于不同生物体的启动子序列。针对这些启动子获得的自由能景观显示出复杂的结构，且与其生物学行为紧密相关。所使用的分析方法能够量化基因组序列内各位点的自由能差异。
引用
@article{arxiv.1208.3950,
title = {Mesoscopic Model for Free Energy Landscape Analysis of DNA sequences},
author = {R. Tapia-Rojo and D. Prada-Gracia and J. J. Mazo and F. Falo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1208.3950},
year = {2012}
}
备注
7 pages, 5 figures, 1 table