蛋白质中的长时间均方位移

我们提出了一种从有限时间的分子动力学（MD）模拟中获取蛋白质中原子和分子的本征长时间均方位移（MSD）的方法。典型的模拟数据局限于 1 到 10 ns 的时间，在此期间计算出的 MSD 持续增加而没有明确的极限值。所提出的方法包括将模型拟合到有限时间的非相干中间中子散射函数 $I_{inc}(Q,t)$ 的 MD 模拟导出值。无限时间 MSD $<r^2>$ 作为模型中的一个参数出现，并通过将模型拟合到有限时间的 $I_{inc}(Q,t)$ 来确定。具体而言，$<r^2>$ 通常根据 Debye-Waller 因子定义为 $I(Q,t = \infty) = \exp(- Q^2 <r^2 > /3)$。该方法通过在宽温度范围内获取水合溶菌酶粉末（h = 0.4 g 水/g 蛋白质）的本征 MSD $<r^2>$ 进行了说明。发现从长达 1 ns 和 10 ns 的数据中获得的本征 $<r^2>$ 是相同的。本征 $<r^2>$ 大约是模拟在 1 ns 后达到的 MSD 值的两倍，这对应于使用能量分辨宽度为 1 \mu eV 的中子仪器所观察到的结果。