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线性规模 CDAWG:新的重复感知索引与语法压缩

数据结构与算法 2017-07-28 v2

摘要

本文提出了一种将紧凑有向无环词图(CDAWG)与基于语法的压缩相结合的新方法。这使我们得到了一个高效的自索引,称为线性规模 CDAWG(L-CDAWG),它可以用 O(e~Tlogn)O(\tilde e_T \log n) 位空间表示,支持 O(logn)O(\log n) 时间的随机访问和 O(1)O(1) 时间的顺序访问边标签,以及 O(mlogσ+occ)O(m \log \sigma + occ) 时间的模式匹配。其中,e~T\tilde e_T 是文本 TT 中所有最大重复的扩展数量,nnmm 分别是文本 TT 和给定模式的长度,σ\sigma 是字母表大小,occocc 是模式在 TT 中的出现次数。对于高度重复的文本,重复度量 e~T\tilde e_T 已知远小于文本长度 nn。对于固定字母表,我们的 L-CDAWG 以 O(eTrlogn)O(e_T^r \log n) 位空间实现 O(m+occ)O(m + occ) 的模式匹配时间,这比 Belazzougui 等人的游程编码 BWT-CDAWG 的模式匹配时间提高了 loglogn\log \log n 倍,且空间复杂度相同。其中,eTre_T^r 是文本 TT 中最大重复的右扩展数量。作为副产品,我们的结果给出了一种在 O(n+e~Tlogσ)O(n + \tilde e_T \log \sigma) 时间内为给定文本 TT 构建大小为 O(e~T)O(\tilde e_T) 的 SLP 的方法。

关键词

引用

@article{arxiv.1705.09779,
  title  = {Linear-size CDAWG: new repetition-aware indexing and grammar compression},
  author = {Takuya Takagi and Keisuke Goto and Yuta Fujishige and Shunsuke Inenaga and Hiroki Arimura},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1705.09779},
  year   = {2017}
}

备注

12 pages, 2 figures