基于马尔可夫随机场模型的 ChIP-seq 数据联合建模
统计方法学
2019-11-18 v1
摘要
染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 实验现已成为生物学中检测蛋白质结合位点的常规手段。在本文中，我们提出了一种用于多组 ChIP-seq 实验联合分析的马尔可夫随机场模型。所提出的模型通过假设一阶马尔可夫性质自然地解释了数据中的空间依赖性，并通过使用零膨胀混合分布来处理大量零计数值。与所有其他现有实现方法相比，该模型通过纳入实验设计的关键方面，允许对多个实验进行联合建模。特别是，该模型利用了关于重复实验和实验中使用的不同抗体的信息。广泛的模拟研究表明，在相同的假发现率下，所提出方法的假非发现率低于现有方法。最后，我们展示了对真实数据的分析，用于检测来自八组 ChIP-seq 实验（包括具有不同 IP 效率的技术重复）中两种染色质修饰剂的组蛋白修饰。
引用
@article{arxiv.1306.4438,
title = {Joint modelling of ChIP-seq data via a Markov random field model},
author = {Yanchun Bao and Veronica Vinciotti and Ernst Wit and Peter 't Hoen},
journal= {arXiv preprint arXiv:1306.4438},
year = {2019}
}