jahmm：一种用于离散化多重 ChIP-seq 谱的工具
应用统计
2014-05-22 v1
摘要
染色质免疫共沉淀与高通量测序（ChIP-seq）是绘制基因组染色质特征的公认标准方法。ChIP-seq 的输出在单个全基因组谱内是定量的，但缺乏比较不同实验的自然方法，因此数据常被离散化为“存在/缺失”调用。许多工具能高效执行此任务，但它们一次仅处理一个输入，导致重复实验间产生离散化冲突。本文提出了一种使用混合负多项式发射的隐马尔可夫模型（HMM）实现，用于离散化 ChIP-seq 谱。该方法能为广泛特征提供有意义的离散化，并允许将不同来源的数据集合并为单一的离散化谱，从而解决离散化冲突。离散化后执行的质量控制步骤可整体接受或拒绝该离散化结果。该模型的实现称为 jahmm，可作为 R 包获取。源代码可从 http://github.com/gui11aume/jahmm 下载。
引用
@article{arxiv.1405.5467,
title = {jahmm: A tool for discretizing multiple ChIP seq profiles},
author = {Guillaume Filion and Pol Cuscó},
journal= {arXiv preprint arXiv:1405.5467},
year = {2014}
}
备注
25 pages, 3 figures