白色念珠菌线粒体的种内比较基因组学揭示中性进化下的非编码区
基因组学
2013-01-01 v1 种群与进化
摘要
机会性真菌病原体白色念珠菌（Candida albicans）会引起严重的血源性医院获得性念珠菌病，对全球公共卫生产生影响。由于其作为医院病因剂的重要性，人们已对 C. albicans 基因组进行了大量研究以识别种内变异，并开发了几种分型方法来区分密切相关的菌株。线粒体 DNA 可用于此目的，因为与核 DNA 相比，其更高的突变负荷和进化速率能轻易揭示微变异。因此，我们以 8 倍覆盖度测序并组装了两个 C. albicans 临床分离株（L296 和 L757）的线粒体基因组，并将这些序列与参考菌株 SC5314 的基因组序列进行了比较。33,928 个位置的基因组比对揭示了 372 个多态性位点，其中 230 个位于编码区，142 个位于非编码区。三个位于 tRNAGly/COX1、NAD3/COB 和 ssurRNA/NAD4L 基因之间的基因间区（分别命名为 IG1、IG2 和 IG3）显示出大量中性替换，我们从拉丁美洲不同地区的 18 个临床分离株和 2 个 ATCC 标准 C. albicans 菌株中扩增并测序了这些区域。观察到序列和高度变异性，大小差异高达 56bp，基于 IG1、IG2 和 IG3 的系统发育分析揭示了三个群组。仅在阿根廷菌株中观察到高达 49bp 的插入，相对于其他序列，这可能表明存在地理多态性聚类。由于中性进化、高变异性、易于通过 PCR 分离以及全长测序，这些线粒体基因间区可为 C. albicans 分离株的分子研究提供新视角，从而补充成熟的多基因座序列分型方法。
引用
@article{arxiv.1211.6003,
title = {Intraspecific Comparative Genomics of Candida albicans Mitochondria Reveals Non-Coding Regions Under Neutral Evolution},
author = {Thais F. Bartelli and Renata C. Ferreira and Arnaldo L. Colombo and Marcelo R. S. Briones},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.6003},
year = {2013}
}
备注
30 pages, 6 figures, 5 tables