基因组景观与噬菌体密码子使用
基因组学
2008-03-04 v1
摘要
在所有生物界中，蛋白质编码基因表现出对同义密码子的不均匀使用。尽管存在多种替代理论，翻译选择已被认为是塑造原核生物和简单真核生物密码子使用模式的重要机制。在此，我们分析了感染大肠杆菌 (E. coli)、铜绿假单胞菌 (P. aeruginosa) 和乳酸乳球菌 (L. lactis) 作为主要宿主的 74 种不同噬菌体的密码子使用模式。我们引入了“基因组景观”的概念，有助于揭示基因组范围内密码子使用中非平凡的长程模式。我们开发了一系列随机化检验，使我们能够在控制另一方面（如适应宿主偏好密码子）的同时，探究密码子使用某一方面（如 GC 含量）的显著性。我们发现 33 个噬菌体基因组在其 GC3 含量、宿主偏好密码子的使用或两者方面表现出高度非随机的模式。我们表明，与非结构噬菌体蛋白相比，这些噬菌体的头部和尾部蛋白表现出对宿主偏好密码子的显著偏好。我们的结果支持了关于病毒基因在广泛噬菌体范围内受宿主偏好密码子翻译选择的假设。
引用
@article{arxiv.0708.2038,
title = {Genome landscapes and bacteriophage codon usage},
author = {Julius B. Lucks and David R. Nelson and Grzegorz Kudla and Joshua B. Plotkin},
journal= {arXiv preprint arXiv:0708.2038},
year = {2008}
}
评论
9 Color Figures, 5 Tables, 53 References