E. coli基因组环境依赖调控网络图景
基因组学
2025-05-14 v1 分子网络
摘要
所有细胞都会通过调控基因来响应其内在环境和周围环境的变化。尽管已努力数十年，但我们仍然对许多基因（即所谓的y组）的功能以及它们如何通过调控适应环境变化知之甚少。本文描述了对E. coli中超过100个生物学上有趣基因在39种多样化环境下的调控进行的联合实验与理论解析。通过发现这些基因调控控制所涉及的结合位点和转录因子，使我们能够揭示其调控网络。我们采用突变、大规模报告测序、质谱以及信息论和统计物理工具，从对某一启动子环境依赖调控结构的完全无知，发展出其行为的预测模型。作为获得生物学洞见的一个范例，我们选取了来自y组、毒素抗毒素配对以及被假设为调控模块组成部分的基因；在所有情况下，我们都发现了关于这些基因底层调控网络及其生物学功能的大量新见解。
引用
@article{arxiv.2505.08764,
title = {The Environment-Dependent Regulatory Landscape of the E. coli Genome},
author = {Tom Röschinger and Heun Jin Lee and Rosalind Wenshan Pan and Grace Solini and Kian Faizi and Baiyi Quan and Tsui Fen Chou and Madhav Mani and Stephen Quake and Rob Phillips},
journal= {arXiv preprint arXiv:2505.08764},
year = {2025}
}