关于基因组多样化的观察与展望
其他定量生物学
2018-07-12 v1
摘要
关于前生物进化的丰富信息仍存储于当代基因组数据中。序列水平的统计机制可能在前生物进化中扮演重要角色。基于基因组序列的统计分析,已观察到遗传密码的演化与基因组组织之间存在密切关系。依据前生物进化中密码子的招募顺序,通过比较不同物种基因组中密码子的分布,构建了物种的生物多样性空间,由此确认了遗传密码演化与生命之树之间的紧密关系。一方面,根据该生物多样性空间中物种的距离矩阵可重建三域生命之树,这支持三域树而非 eocyte 树。另一方面,通过比较基因组中 64 个密码子的分布可获得密码子的演化树,其与路线图上密码子的招募顺序一致。这是一种研究后生动物起源、灵长类演化等的简单系统发育基因组学方法。本研究应被视为一种利用前生物序列进化中的统计机制解释生命三域多样化的探索性尝试。研究表明,三联体密码子中碱基的数目或可由三链 DNA 的链数从统计上解释。生命对变化环境的适应可能源于序列水平冗余基因组的组装。
引用
@article{arxiv.1807.03784,
title = {Observations and perspectives on the diversification of genomes},
author = {Dirson Jian Li},
journal= {arXiv preprint arXiv:1807.03784},
year = {2018}
}
备注
43 pages, 10 figures