氨基酸加入遗传密码的生物合成顺序
生物物理
2007-05-23 v1 q-bio
摘要
先前建立的遗传密码进化模型被证明能阐明为何某些前体氨基酸的碱基三联体与其产物氨基酸密码子仅相差一个碱基，而另一些同源性较低。首先，该模型指出，从固氮菌密码（第2阶段）扩展时密码进化方向发生了改变。从 NAN 列（N 为任意标准核苷酸）的 16 个密码子开始的密码增长，是通过在 GNN、ANN、CNN 和 UNN 行中分配密码子进行的。跨越这一转变的扩展阶段（第4至7阶段）前体/产物对包括天冬氨酸/苏氨酸、天冬氨酸/甲硫氨酸和谷氨酸/脯氨酸。这些对的每个密码子的 5' 位和中间碱基均不同。其次，扩展后的添加（第9至14阶段）需要密码子重分配，消除了初始相关性。扩展后配对的天冬氨酸（谷氨酸）/精氨酸的密码子也在 5' 位和中间碱基位点均不同。第三，受体中核心结构群的分布表明，在早期氨基酸合成中，特异性针对兄弟而非前体的变异 tRNA 通常作为辅因子参与。因此，兄弟对而非前体/产物对表现出密码子相关性。剔除这些变异来源后，分配给生物合成相关氨基酸的密码子之间出现了高度显著的相关性。
引用
@article{arxiv.physics/0210113,
title = {The Biosynthetic Order of Amino Acid Addition to the Genetic Code},
author = {Brian K. Davis},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/0210113},
year = {2007}
}
备注
Manuscript, 22 pages, 1 Table, 1 Figure in postscript (gzipped)