同义密码子使用与蛋白质上的选择
种群与进化
2016-09-08 v1 基因组学
摘要
蛋白质上的选择压力通常通过比对同源核苷酸序列来度量（Zuckerkandl and Pauling 1965）。最近我们引入了一种称为“波动性（volatility）”的新方法，从其同义密码子使用来估计蛋白质序列上的选择压力（Plotkin and Dushoff 2003, Plotkin et al 2004a）。在此我们为该方法提供理论基础。我们推导了同义密码子的期望频率作为选择强度、突变率和有效种群大小的函数。我们分析了在何种条件下可望从偏倚的密码子使用推断结论，并估计了建立与维持此类信号所需的时间尺度。我们的结果表明，在广泛的参数范围内，同义密码子使用可可靠区分负选择、正选择与中性。虽然波动性检测负选择的能力依赖于种群大小，但检测正选择无此依赖。此外，我们表明诸如微生物中瞬时超突变体等现象可提升波动性检测负选择的能力，即便典型的观测中性位点杂合度较低。
引用
@article{arxiv.q-bio/0410013,
title = {Synonymous codon usage and selection on proteins},
author = {Joshua B. Plotkin and Jonathan Dushoff and Michael M. Desai and Hunter B. Fraser},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0410013},
year = {2016}
}
备注
33 pages