切割靶序列的突变 HIV-1 蛋白酶的计算机预测
化学物理
2014-05-07 v1 生物大分子
摘要
HIV-1 蛋白酶是定向酶重新设计的一个诱人系统，因为它具有多种不同的内源性靶标、相对简单的结构且已被充分研究。Chaudhury 和 Gray 最近（Structure (2009) 17: 1636 -- 1648）发表了一种计算算法，用于识别 HIV-1 蛋白酶的特异性决定残基。在本文中，我们提出了两种旨在重新设计 HIV-1 蛋白酶的计算工具，它们衍生自 Chaudhuri 和 Gray 的算法。首先，我们提出了一种仅基于能量的方法，用于区分野生型和突变型 HIV-1 蛋白酶的可切割与不可切割肽段。其次，我们展示了一种开发的算法，用于预测能够切割新靶底物肽段（不同于 HIV-1 蛋白酶的自然靶标）的突变 HIV-1 蛋白酶。利用仅基于能量的方法，我们就靶肽的可切割性和特异性对获得的计算机模拟（in silico）突变酶进行了分析。我们发现两种突变蛋白酶是针对该靶序列具有最佳特异性和可切割性的候选者。
引用
@article{arxiv.1404.0188,
title = {In silico prediction of mutant HIV-1 proteases cleaving a target sequence},
author = {Jan H. Jensen and Martin Willemoës and Jakob R. Winther and Luca De Vico},
journal= {arXiv preprint arXiv:1404.0188},
year = {2014}
}