染色质的计算机拉伸
生物大分子
2007-05-23 v1 基因组学
摘要
我们给出单根30 nm染色质纤维拉伸的蒙特卡洛（MC）模拟。模型以具有德拜-休克尔静电作用的柔性聚合物链近似DNA，并采用两角之字形模型描述连接核小体的连接DNA几何。后者由通过吸引性Gay-Berne势相互作用的扁平圆盘表示。我们的结果表明，染色质纤维的刚度强烈依赖于连接DNA长度。此外，将核小体间扭转角从90°变为130°显著增加了刚度。将张开角从22°增至34°导致小连接长度下纤维更软。我们观察到，每个核小体含连接组蛋白的纤维比不含连接组蛋白的更硬。模拟的持久长度与弹性模量与实验数据一致。最后，我们表明染色质纤维不表现为各向同性弹性杆，而其刚性依赖于形变方向：染色质抗拉伸远强于抗弯曲。
引用
@article{arxiv.q-bio/0509024,
title = {In silicio stretching of chromatin},
author = {Frank Aumann and Filip Lankas and Maiwen Caudron and Jörg Langowski},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0509024},
year = {2007}
}
备注
51 pages, 13 figures