DNA折叠：两种角度模型的结构与力学性质
软凝聚态物质
2009-11-07 v1 生物大分子
摘要
我们对30nm染色质纤维的结构和力学性质进行理论分析。该研究基于Woodcock等人于1993年提出的两种角度模型(Woodcock, C. L., S. A. Grigoryev, R. A. Horowitz, and N. Whitaker. 1993. PNAS 90:9021-9025)，该模型将染色质纤维几何描述为核小体DNA的入口-出口角以及相邻核小体之间的旋转设置。我们在该构建原则下解析探讨了不同结构，并证明具有最高密度的几何几乎符合在生理条件下发现的本 native 染色质纤维的结构。在此模型基础上，我们计算了纤维在拉伸下的力学性质。我们获得了应力-应变特性表达式，这些表达式与最近拉伸实验(Cui, Y., and C. Bustamante. 2000. PNAS 97:127-132)和计算机模拟(Katritch, V., C. Bustamante, and W. K. Olson. 2000. J. Mol. Biol. 295:29-40)的结果良好一致，并为染色质的结构和弹性性质之间的相关性提供了简单物理洞见。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0102130,
title = {DNA folding: structural and mechanical properties of the two-angle model for chromatin},
author = {H. Schiessel and W. M. Gelbart and R. Bruinsma},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0102130},
year = {2009}
}
备注
23 pages, 6 figures, to be published in Biophys. J