GWAPP：用于拟南芥全基因组关联作图的 Web 应用程序
定量方法
2013-08-12 v2 基因组学
摘要
拟南芥 (Arabidopsis thaliana) 是理解植物遗传学和分子生物学的重要模式生物。其高度自交的特性，连同其他重要特征（如体型小、世代时间短、基因组小以及地理分布广泛），使其成为理解自然变异的理想模式生物。全基因组关联研究 (GWAS) 已被证明是识别拟南芥中负责自然变异的遗传位点的有效技术。先前已基因分型的种质（天然近交系）可在不同条件下重复种植，并对不同性状进行表型分析。这些重要特征极大地简化了性状的关联作图，并允许整个拟南芥研究社区系统地剖析自然变异的遗传学基础。为此，我们推出了 GWAPP，这是一个用于在拟南芥中进行 GWAS 的交互式基于 Web 的应用程序。利用线性混合模型的高效 Python 实现，用户可以在几分钟内上传针对 1386 个公开生态型子集测量的性状，并使用高效混合模型及其他方法进行作图。GWAPP 拥有广泛、交互且用户友好的界面，包括交互式曼哈顿图 (Manhattan plots) 以及交互式局部和全基因组连锁不平衡 (LD) 图。它通过实现将候选 SNP 作为协变量纳入模型等功能，促进了探索性数据分析。
引用
@article{arxiv.1212.0661,
title = {GWAPP: A Web Application for Genome-wide Association Mapping in A. thaliana},
author = {Ümit Seren and Bjarni J. Vilhjálmsson and Matthew W. Horton and Dazhe Meng and Petar Forai and Yu S. Huang and Quan Long and Vincent Segura and Magnus Nordborg},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.0661},
year = {2013}
}
备注
Submitted to The Plant Cell (http://www.plantcell.org/) 42 pages with 15 figures