通过祖先状态重建进行分子序列的全局比对
概率论
2011-09-07 v1 数据结构与算法
统计理论
种群与进化
定量方法
统计理论
摘要
分子系统发育技术通常不考虑诸如位点插入和缺失（称为indels）等常见的进化事件。相反，建树算法和祖先状态推断程序通常依赖于仅考虑替换的序列进化模型。在实践中，这些方法通过使用产生输入序列全局比对的启发式方法扩展到这种简化设置之外——这是一个重要的问题，但缺乏严格的基于模型的解决方案。在本文中，我们在随机indel模型的背景下考虑了一个新版本的多序列比对问题。更准确地说，我们引入了以下{\em 树上的痕迹重建问题}（TRPT）：一个二进制序列通过一个允许替换、缺失和插入的树信道广播；我们试图从树叶子节点接收到的序列中重建原始序列。我们给出了该问题的一个递归过程，在低突变率下具有强大的重建保证，同时也提供了树叶子节点处序列的比对。没有indel的TRPT问题已在先前的工作（Mossel 2004, Daskalakis et al. 2006）中被研究，作为获得最优系统发育重建方法的引导步骤。当前工作为将这些工作扩展到包含indel的进化模型建立了一个框架。
引用
@article{arxiv.0912.2577,
title = {Global Alignment of Molecular Sequences via Ancestral State Reconstruction},
author = {Alexandr Andoni and Constantinos Daskalakis and Avinatan Hassidim and Sebastien Roch},
journal= {arXiv preprint arXiv:0912.2577},
year = {2011}
}