通过统计系统发育学准确重建插入缺失历史
种群与进化
2015-06-04 v1 基因组学
定量方法
摘要
多序列比对 (MSA) 是一种计算抽象，代表了插入缺失 (indel) 历史或结构相似性的部分总结。采取前者观点（indel 历史），可以利用形式自动机理论，将有限替换模型（Dayhoff 概率矩阵和 Felsenstein 剪枝算法）的系统发育似然框架推广至任意长度的序列。在本文中，我们报告了基于模拟的基准测试结果，评估了多种重建 indel 历史的方法。测试的方法包括一种相对较新的算法，用于对 MSA 进行统计边缘化，该算法对一个随机采样的最可能进化历史集合进行求和。针对几种不同树上的哺乳动物进化参数，由我们算法采样的单一最可能历史似乎比其他 MSA 方法重建的历史偏差更小。该算法还可用于无比对推断，其中 MSA 被显式地从分析中求和剔除。作为我们方法的一个例证，我们讨论了人类蛋白编码基因进化历史的重建。
引用
@article{arxiv.1202.4026,
title = {Accurate reconstruction of insertion-deletion histories by statistical phylogenetics},
author = {Oscar Westesson and Gerton Lunter and Benedict Paten and Ian Holmes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.4026},
year = {2015}
}
备注
28 pages, 15 figures. arXiv admin note: text overlap with arXiv:1103.4347