谁来监督监督者？多序列比对基准评估
定量方法
2015-01-09 v1
摘要
多序列比对（MSA）是生物信息学中一项基础且普遍的技术，用于推断生物序列间的相关残基。因此，比对准确性对广泛的各种分析至关重要，而这些分析往往难以评估该准确性。为了比较不同比对工具的性能并帮助检测比对中的系统误差，人们采用了多种基准测试策略。本文概述了基于模拟、一致性、蛋白质结构和系统发育的主要策略，并讨论了它们各自的优势及相关风险。我们提出了一套有效基准测试应具备的理想特征，并据此评估了每种策略。我们得出结论：目前尚无普遍适用的 MSA 基准测试方法，比对工具的开发者和用户应根据应用背景选择基准测试，并敏锐地意识到每种基准测试策略 underlying 的假设。
引用
@article{arxiv.1211.2160,
title = {Who Watches the Watchmen? An Appraisal of Benchmarks for Multiple Sequence Alignment},
author = {Stefano Iantorno and Kevin Gori and Nick Goldman and Manuel Gil and Christophe Dessimoz},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.2160},
year = {2015}
}
备注
Review