多核系统上最先进并行多序列比对算法的综述
计算工程、金融与科学
2018-06-01 v1 基因组学
摘要
进化建模应用是提供支持对生物机体评估深入理解之完整信息的最佳途径。这些应用主要依赖于辨识现存生物体的进化史并理解其间关系，而这可通过对其生物序列的深度分析实现。多序列比对（MSA）被视为此类应用中的重要工具，它给出不同生物序列间关系的准确表征。文献中已投入诸多努力以提出新 MSA 算法甚至改进已有算法。然而，优化并行 MSA 算法的努力甚少。如今，大数据集成为现实，大数据成为各领域的主要挑战，这亦应成为新生物信息学算法的里程碑。本综述介绍四种最先进并行 MSA 算法：TCoffee、MAFFT、MSAProbs 与 M2Align。我们详细讨论各算法，包括其优劣、实现细节及其并行实现相对于其他算法的有效性，并考量在 BAliBASE 与 OXBench 两个不同数据集上的 MSA 精度。
引用
@article{arxiv.1805.12223,
title = {A Survey of the State-of-the-Art Parallel Multiple Sequence Alignment Algorithms on Multicore Systems},
author = {Sara Shehab and Sameh Abdulah and Arabi E. Keshk},
journal= {arXiv preprint arXiv:1805.12223},
year = {2018}
}