大规模基因调控网络的功能模型：现实与虚构

高通量实验正在揭示大型调控网络的拓扑结构，同时也在揭示其功能状态，即节点（例如转录本或蛋白质水平）在不同条件、时间和环境下的激活状态。我们现在拥有关于这两个描述层次的一定量的信息，这些信息存储在文库、数据库和本体中。当前的一个挑战是弥合拓扑与功能之间的鸿沟，即开发旨在表征大基因集表达模式的定量模型。然而，在小规模网络上效果良好的方法在大规模上变得难以掌控，主要是因为参数激增。在这篇综述中，我们讨论了大尺度功能网络模型的研究现状，探讨了哪些可以视为现实的，以及主要的局限性可能是什么。我们还展示了一些未来工作的方向，试图设定未来模型应努力实现的目标。最后，我们将强调在理解复杂多因素疾病背后的生物学机制以及开发描述和治疗此类病理的新策略方面可能带来的益处。