蛋白质势能景观的分形分析
软凝聚态物质
2016-08-31 v1 化学物理
q-bio
摘要
我们研究了多个系统中总势能V作为时间t函数的分形性质，这些系统包括蛋白质的现实模型（PPT、BPTI和肌红蛋白）。V(t)的分形维数，以指数\gamma为特征，几乎与温度无关，并随时间增加，蛋白质越大增加越慢。这项研究最引人注目的发现或许是分形维数的表观普适性，它仅微弱地依赖于分子系统的类型。我们通过假设分形性是由自生动力学噪声引起的来解释这种行为，这种噪声是非谐性导致的模间耦合的结果。势能景观的全局拓扑特征对观察到的分形行为影响很小。
引用
@article{arxiv.cond-mat/9808202,
title = {Fractal Analysis of Protein Potential Energy Landscapes},
author = {D. A. Lidar and D. Thirumalai and R. Elber and R. B. Gerber},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/9808202},
year = {2016}
}
备注
17 pages, single spaced, including 12 figures