EUKulele：未被充分关注的真核微生物的分类学注释
种群与进化
2020-11-03 v1
摘要
微生物物种生物多样性的评估在生态学与演化生物学中至关重要（Reaka-Kudla等1996），但对于环境中发现的微生物群落而言尤其具有挑战性（Das等2006，Hillebrand等2018）。除提供海洋生物普查外，评估海洋微生物生物多样性可揭示微生物如何应对环境变化（Salazar等2017），阐明群落成员的生态角色（Hehemann等2016），并带来生物技术发现（Das等2006）。基于环境序列数据集可用数据质量来表征分类多样性与系统发育的计算方法是推进我们理解这些生物在环境中作用的基础。更为迫切的是，需要全面且一致的方法将分类学赋予与环境相关的微生物真核生物。在此，我们提出EUKulele，一个开源软件工具，旨在为宏组学样本中检测到的微真核生物赋予分类学，并通过适配组装输出并提供报告每个样本分类学完整性的具体度量，来补充其他领域的分析方法。
引用
@article{arxiv.2011.00089,
title = {EUKulele: Taxonomic annotation of the unsung eukaryotic microbes},
author = {Arianna I. Krinos and Sarah K. Hu and Natalie R. Cohen and Harriet Alexander},
journal= {arXiv preprint arXiv:2011.00089},
year = {2020}
}
备注
Software paper submitted to JOSS