非模式真核生物小基因组注释的现代工具

如今，由于测序获得的实验数据量不断增加，研究重点已从测定基因组核苷酸序列转向确定基因组各组成部分的功能与特征。基因组注释包括识别编码与非编码序列、确定基因结构以及确定这些序列的功能。尽管在处理测序数据的计算技术方面取得了显著成就，但由于许多基因组部分功能的分子机制尚未阐明，目前仍无通用的基因组功能注释方法。然而，科学界正努力解决这一问题。本综述分析了现有的真核生物基因组注释方法。本文包括三个主要部分：引言、正文与讨论。引言部分反映了与非模式真核生物注释现有成就相关的独立工具与自动流程的发展，这些成就与原核生物注释的现有进展相联系。正文由两个不同的部分组成，第一部分致力于非模式真核生物基因组注释的操作指南，第二部分介绍需要最少用户干预的最新自动流程版本。文中简要指出了注释基因组质量与完整性评估的问题，并讨论了进行该分析的工具。目前，尚无涵盖全部任务列表、无需人工干预或使用额外外部工具与资源的通用真核生物基因组自动注释软件。因此，这引出了开发更广泛功能且通用的真核生物小基因组自动注释协议的任务。