利用液滴微流控富集肠道微生物组菌株用于无培养基因组测序
基因组学
2022-02-01 v1 生物物理
定量方法
摘要
我们报道一种液滴微流控方法，直接从复杂微生物组样品中靶向和分选单个细胞，并为其进行批量全基因组测序做准备而无需培养。我们通过从以低至1:250的比例掺入人粪便样品中的细菌中回收，以及成功将内源性普通拟杆菌（Bacteroides vulgatus）富集到从头组装高质量基因组所需水平来表征该方法。虽然微生物组菌株在生物医学应用中的需求日益增加，但绝大多数物种和菌株未被培养且无参考基因组。我们通过将复杂微生物组样品直接封装入微流控液滴并使用定制分子TaqMan探针扩增靶标特异性基因组片段来解决这一不足。我们通过液滴分选分离那些阳性液滴，选择性富集单靶标菌株细胞。最后，我们提出一种方案，在特异性去除扩增子和细胞碎片的同时纯化基因组DNA以获得高质量基因组测序。
引用
@article{arxiv.2106.01455,
title = {Enrichment of gut microbiome strains for cultivation-free genome sequencing using droplet microfluidics},
author = {Anna Pryszlak and Tobias Wenzel and Kiley West Seitz and Falk Hildebrand and Ece Kartal and Marco Raffaele Cosenza and Vladimir Benes and Peer Bork and Christoph Merten},
journal= {arXiv preprint arXiv:2106.01455},
year = {2022}
}
备注
18 pages incl. references, 4 main figures and one supplementary figure