从毒理基因组学数据阐明差异响应网络
分子网络
2008-05-26 v1 基因组学
摘要
我们描述了一种分析毒理基因组学数据并阐明受药物治疗影响的生物网络的新方法。在该方法中，约 15,000 个线性通路模块是从 MetaCore (GeneGo, Inc.) 手动组装的通路图谱生成的。来自暴露于苯巴比妥、美雌醇和他莫昔芬的大鼠肝脏的微阵列表达数据被映射到这些模块上。利用不同的分析技术，我们识别出了一组“差异”通路，其特征是在同一治疗的多次重复中表现出高度相关的表达，而在不同治疗之间表现出强烈的负相关。基于这些通路重新组装了区分化学处理的网络模块。与表达谱分析中传统的统计和聚类程序不同，我们的方法在分析过程中同时考虑了网络连接性和基因表达。我们证明，该方法能够识别涉及药物反应的重要细胞机制，而这些机制在基于单个基因表达谱的分析中会被遗漏。
引用
@article{arxiv.0805.3691,
title = {Elucidation of differential response networks from toxicogenomics data},
author = {Z. Dezso and R. Welch and V. Kazandaev and A. Naito and J. Fuscoe and C. Melvin and Y. Dragan and Y. Nikolsky and T. Nikolskaya and A. Bugrim},
journal= {arXiv preprint arXiv:0805.3691},
year = {2008}
}
备注
28 pages, 3 figures and 3 tables