EGGTART：在 inhomogeneous $\ell$-TASEP 下可视化生物物理输运过程动力学的计算工具
生物物理
2021-05-05 v1 数据分析、统计与概率
定量方法
摘要
完全不对称简单排除过程(TASEP)描述了格点上相互作用粒子的随机动力学，过去几十年被广泛研究并应用于建模重要的生物输运过程。在此我们提出一个名为 EGGTART(Extensive GUI gives TASEP-realization in real time)的软件包，其量化并可视化了具有扩展粒子尺寸与非均匀跳跃速率的广义 TASEP 版本的动力学。该计算工具基于通过推导并求解该过程的流体力学极限所获得的解析公式。它允许对粒子密度、通量及相图作为与系统相关的若干关键参数的函数进行即时量化，而这通过常规随机模拟难以实现。因此，我们的软件应会引起研究一般输运过程的生物物理学家的兴趣，并特别可用于基因表达背景下对不同编码序列的 mRNA 翻译进行建模与量化。
引用
@article{arxiv.2010.13034,
title = {EGGTART: A computational tool to visualize the dynamics of biophysical transport processes under the inhomogeneous $\ell$-TASEP},
author = {Dan D. Erdmann-Pham and Wonjun Son and Khanh Dao Duc and Yun S. Song},
journal= {arXiv preprint arXiv:2010.13034},
year = {2021}
}
备注
12 pages, 6 figures