DNA通过吸引性纳米孔的易位动力学
软凝聚态物质
2008-12-09 v1 统计力学
摘要
我们利用二维朗之万动力学模拟，研究了外力驱动下DNA通过纳米孔的易位动力学，以探究易位动力学如何依赖于DNA序列的细节。我们考虑了一个由两种碱基A和C构成的粗粒化DNA模型，这两种碱基与孔具有不同的相互作用，例如，孔与孔内碱基A（C）之间存在强（弱）吸引力。通过对具有重复单元A_mC_n的异源DNA进行一系列研究，我们发现易位时间随碱基C的体积分数f_C呈指数下降。对于f_C ≤ 0.5的较长A序列，易位时间强烈依赖于DNA的取向，即哪个碱基先进入孔。我们的研究清楚地表明，对于具有重复单元A_mC_n的特定长度N的DNA，单个碱基的等待时间及其周期性所呈现的模式可以明确地分别确定m、n和N的值。因此，这一现象的未来实验实现可能带来快速高效的序列检测技术。
引用
@article{arxiv.0810.2907,
title = {Dynamics of DNA translocation through an attractive nanopore},
author = {Kaifu Luo and Tapio Ala-Nissila and See-Chen Ying and Aniket Bhattacharya},
journal= {arXiv preprint arXiv:0810.2907},
year = {2008}
}
备注
7 pages, 7 figures