球状蛋白中的体积分布、微孔渗流与堆积密度

提出了一种快速、准确且低内存需求的基于网格的方法来计算分子系统中的体积特征。在球状蛋白中表征了体积和堆积密度的分布，其中空隙空间基于可变半径的球形测试探针被分解为微孔体积和空腔。对测试探针半径的扫描被映射为微孔体积的位点渗流问题。应用有限尺寸标度来确定临界指数，发现其与三维连通渗流指数一致。文献中关于蛋白质核心与其表面相比以及相对于蛋白质大小的堆积密度的不同结果，在统一的隐式溶剂模型下通过微孔体积得以阐明。通过将模型参数化以匹配与实验数据一致的显式溶剂模型的结果，我们验证了球状蛋白内的堆积密度在空间上是均匀的且独立于蛋白质大小。