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分子进化中DNA序列自比对浓度的无序与幂律尾

种群与进化 2014-12-23 v3 生物物理 基因组学

摘要

自比对浓度c(x)c(x)作为多种物种基因组中完全相同匹配最大片段长度xx的函数,通常呈现延伸至最大尺度的幂律尾,即c(x)xαc(x) \propto x^{\alpha},具有相似或明显不同的负α\alpha值(<2<-2)。分子进化的相关基本过程是片段重复和点突变,最近棒碎裂现象学已被用于解释中性进化。然而,无序是进化系统的固有属性,通过将其在时间上冻结(淬火)以建立一个简单的碎裂模型,我们得到了衰减、稳态以及一般的全时依赖解,当xx\to \infty时均xα\propto x^{\alpha},这与纯模型(无无序)仅在x0x\to 0时的唯一幂律解x3x^{-3}形成对比。其他代数项可能在中间尺度占主导,这似乎得到某些物种(如水稻)的证实。我们还展示了显示不止一个标度区间的自比对结果,这与存在不止一个在不同区间占主导的代数项的理论结果一致。

关键词

引用

@article{arxiv.1411.5624,
  title  = {Disorder and Power-law Tails of DNA Sequence Self-Alignment Concentrations in Molecular Evolution},
  author = {Kun Gao and HongGuang Sun and Jian-Zhou Zhu},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1411.5624},
  year   = {2014}
}

备注

a figure for the introductory discussion removed; less lengthy