自私 DNA 的进化动力学产生基因组的伪语言特征
种群与进化
2016-08-05 v1 生物物理
基因组学
摘要
自大型基因组测序以来，人们发现了其序列的许多统计特征。一个引人入胜的特征是某些子序列远比其它子序列丰富。事实上，给定长度子序列的丰度分布具有无标度幂律尾，类似于人类文本的性质，如齐夫定律（Zipf's law）。尽管近期已有研究努力，对这一现象的理解仍然缺乏。在此我们发现，自私 DNA 元件，例如属于 Alu 重复家族的那些，主导了幂律尾。有趣的是，对于 Alu 元件，幂律指数随所考虑子序列长度的增加而增大。受这些观察启发，我们开发了自私 DNA 扩张模型。该模型的预测在定性和定量上与经验观测一致。这使我们能够估计基因组进化过程中自私 DNA 在基因组中传播过程的参数。所得结果揭示了自私 DNA 元件的进化如何塑造基因组的非平凡统计性质。
引用
@article{arxiv.1602.01612,
title = {Evolutionary dynamics of selfish DNA generates pseudo-linguistic features of genomes},
author = {Michael Sheinman and Anna Ramisch and Florian Massip and Peter F. Arndt},
journal= {arXiv preprint arXiv:1602.01612},
year = {2016}
}
备注
9 pages, 5 figures