基于单细胞 assay 和配对对照样本用于检测基础免疫中的疫苗反应者
统计方法学
2025-07-10 v1 应用统计
摘要
疫苗研究的关键目标之一是评估疫苗诱导的免疫原性，并确定参与者是否对疫苗产生了反应。细胞免疫反应对于评估疫苗诱导的免疫原性至为重要，单细胞 assay 如 intracellular cytokine staining（ICS）常用于描绘单个免疫细胞表型及其在刺激后产生的细胞因子。在本文中，我们引入了一种新型统计框架，用于使用插前和插后收集的 ICS 数据识别疫苗反应者。该框架包含配对对照数据，以纠正可能导致将参与者误分类为疫苗反应者的意外变异，如批次效应。为正式整合配对对照数据以在不同时间点（即插前和插后）上解释 assay 变异，我们提出的框架计算并报告两个 p 值，这两个 p 值都调整了配对对照数据，但方式不同：（i）最大化调整后的 p 值，对 unadjusted p 值施加最保守的调整，确保在与配对对照样本数据一致的所有合理批次效应下有效性；（ii）最小化调整后的 p 值，只施加最少的调整，使得调整后的 p 值不能被配对对照样本数据推翻。我们将该框架应用于来自新冠疫苗防治网络（CoVPN）3008 研究在基线和疫苗接种后 4 周收集的 ICS 数据。我们的分析有助于解决两个临床问题：1）哪些参与者显示了 Omicron 病毒感染的证据，以及2）哪些参与者对 Omicron BA.4/5 Spike 蛋白产生了疫苗诱导的 T 细胞反应。
引用
@article{arxiv.2507.06451,
title = {Determining vaccine responders in the presence of baseline immunity using single-cell assays and paired control samples},
author = {Zhe Chen and Siyu Heng and Asa Tapley and Stephen De Rosa and Bo Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2507.06451},
year = {2025}
}