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从遗传数据检测分布区扩张

种群与进化 2013-04-01 v1

摘要

我们提出了一种利用遗传数据来检验近期分布区扩张发生的方法,并推断扩张起源的位置。我们引入了一个种群对统计量 ψ\psi(方向性指数),用于检测由扩张过程中发生的一系列奠基者事件引起的二维等位基因频率谱的不对称性。这种不对称性的产生是因为低频等位基因在奠基者事件中倾向于丢失,从而在存活的低频等位基因频率中形成梯度。通过模拟,我们进一步表明,ψ\psi 在检测分布区扩张方面比 FSTF_{ST} 和杂合度梯度更为有效。我们将 ψ\psi 应用于现代人类的数据集以展示其效用,并展示了如何将更复杂的场景(如多个扩张起源或迁移障碍)纳入模型中。

关键词

引用

@article{arxiv.1303.7475,
  title  = {Detecting range expansions from genetic data},
  author = {Benjamin M Peter and Montgomery Slatkin},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1303.7475},
  year   = {2013}
}