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基于样本频率谱的群体历史推断准确性的基本极限

种群与进化 2015-06-24 v1 统计理论 统计理论

摘要

来自多个个体的 DNA 序列的样本频率谱(SFS)是一种汇总统计量,常用于群体遗传学中的参数推断。尽管基于 SFS 的推断方法很流行,目前关于估计精度作为样本量函数的信息论极限知之甚少。在此,我们表明,使用 SFS 估计种群的规模历史具有至少 O(1/logs)O(1/\log s) 的极小极大误差,其中 ss 是分析中使用的独立分离位点的数量。这一速率比统计学中许多经典估计问题的已知收敛速率指数级更差。我们理论界的另一个令人惊讶的方面是它不依赖于 SFS 的维度,而该维度与采样个体数相关。这意味着,对于所考虑的分离位点固定数量 ss,使用更多个体无助于减小极小极大误差界。我们的结果适用于经历过瓶颈的种群,并且我们认为可望应用于自然界中的许多种群。

关键词

引用

@article{arxiv.1505.04228,
  title  = {Fundamental limits on the accuracy of demographic inference based on the sample frequency spectrum},
  author = {Jonathan Terhorst and Yun S. Song},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1505.04228},
  year   = {2015}
}

备注

17 pages, 1 figure