CruzDB：利用UCSC基因组浏览器数据注释基因组区间的软件
基因组学
2013-07-11 v2
摘要
基因组特征的生物学意义通常依赖于上下文。我们提出CruzDB，一个快速且直观的UCSC基因组浏览器程序化接口，便于对多种本地和远程数据集进行整合分析。我们以miRNA结合位点为例展示CruzDB的语法，并通过3个新的生物学发现进一步证明其实用性。首先，我们发现外显子复制较早，而内含子倾向于复制较晚，表明基因区域存在复杂的复制模式。其次，与认知功能相关的变异映射到具有相关功能的lincRNA转录本上。第三，核纤层关联区域在嗅觉相关基因中高度富集。CruzDB可在https://github.com/brentp/cruzdb获取。
引用
@article{arxiv.1303.3332,
title = {CruzDB: software for annotation of genomic intervals with UCSC genome-browser data},
author = {Brent S Pedersen and Ivana V Yang and Subhajyoti De},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.3332},
year = {2013}
}
备注
4 pages, 1 figure