CGB：用于创建 UCSC 基因组浏览器自定义实例的 UNIX shell 程序
基因组学
2012-11-29 v1 定量方法
摘要
UCSC 基因组浏览器是探索和分析参考基因组的流行工具。UCSC 基因组浏览器及其内容的镜像存在于多个地理位置，且该镜像过程已被修改以支持非 UCSC 维护且由个别研究人员生成的基因组序列。虽然该过程直接明了，但冗长乏味，尤其是在处理许多基因组序列时，亟需自动化。我们展示了一个 Unix shell 程序，旨在促进为非 UCSC 维护的基因组序列创建 UCSC 基因组浏览器的自定义实例。它自动化了浏览器创建过程的许多步骤，为每个浏览器实例提供密码保护，并自动化创建基本注释轨道。作为示例，我们为从大规模并行测序平台获得的细菌基因组生成了一个自定义 UCSC 基因组浏览器。
引用
@article{arxiv.1211.1607,
title = {CGB: A UNIX shell program to create custom instances of the UCSC Genome Browser},
author = {Vincenzo Forgetta and Ken Dewar},
journal= {arXiv preprint arXiv:1211.1607},
year = {2012}
}
备注
8 pages, 1 figure and 1 table