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Portable-CELLxGENE:用于简便安装的 CELLxGENE 独立可执行文件

定量方法 2025-03-04 v2

摘要

希望分析单细胞转录组数据集的生物学家必须通过命令行安装和使用专业软件。这往往对非生物信息学家来说不够实用。虽然流行的 CELLxGENE 软件提供了图形界面以便在命令行之外进行分析,但其服务器端安装和执行仍然复杂。一个更容易安装和运行的版本将允许非生物信息学家在无需使用命令行的情况下利用这一宝贵工具。Portable-CELLxGENE 是 CELLxGENE 的独立分发版,可通过图形界面进行安装。它包含对 CELLxGENE-Gateway Python 包的易用扩展,允许分析多个数据集。可用性与实现:Portable-CELLxGENE 的 Windows 和 MacOS 版本,以及其源代码,均可在 github.com/george-hall-ucl/portable-cellxgene 上获取。其根据 GNU 通用公共许可证 v3 提供。

关键词

引用

@article{arxiv.2408.11844,
  title  = {Portable-CELLxGENE: standalone executables of CELLxGENE for easy installation},
  author = {George T. Hall},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2408.11844},
  year   = {2025}
}