K-Ras 表面平动水合动力学的连续斑块
软凝聚态物质
2023-07-11 v2
摘要
参与信号通路的蛋白质是 ODNP（Overhauser 动态核极化）实验分析的有趣靶标，该方法可测定蛋白质表面的平动流动性。它们也构成一项挑战，因为所有位点的水合动力学都相对迅速，需要能够进行更精细区分的灵敏测量。以蛋白质 K-Ras 为靶标，我们发现 ODNP 交叉弛豫值似乎在三维空间的相似区域内一致，无论用于选择位置的自旋探针具体连接于哪个残基。邻近残基观察到的相似动力学表明水在纳米尺度上平动动力学具有持续性/均匀性。这一结果合乎情理，因为它本质上意味着水的动力学在液体水展现结构持续性（即其关联长度）的长度尺度（一纳米）上保持一致。这为在水溶液中策略性且全面地绘制水合层并识别对结合相互作用自由能有显著贡献的区域开辟了可能——例如，可能贡献显著熵的慢水，或水流动性具有强温度依赖性从而可能贡献显著焓的区域。
引用
@article{arxiv.2307.03179,
title = {Contiguous Patches of Translational Hydration Dynamics on the Surface of K-Ras},
author = {Farhana Syed and Jessica N. Khuc and Alexandria Guinness and John M Franck},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.03179},
year = {2023}
}