TABI泊松-玻尔兹曼求解器中MSMS与NanoShaper分子表面三角化代码的比较
计算物理
2020-10-22 v1 生物大分子
摘要
泊松-玻尔兹曼(PB)隐式溶剂模型是研究浸入含溶解盐的水中的生物分子静电学的流行框架。在该模型中，生物分子与溶剂之间的介电界面通常取为分子表面或溶剂排除表面(SES)，而SES三角化的质量在PB模型的边界元模拟中至关重要。本文中我们比较了针对一组38个生物分子的MSMS和NanoShaper表面三角化代码。虽然MSMS产生面积极小且长宽比很大的三角形，但两种代码给出的SES表面积和静电溶剂化能值相当，其中后者计算是使用树码加速边界积分(TABI) PB求解器进行的。然而我们发现NanoShaper比MSMS更高效且更可靠，尤其是在参数设置为产生高分辨率三角化时。
引用
@article{arxiv.2010.10570,
title = {Comparison of the MSMS and NanoShaper molecular surface triangulation codes in the TABI Poisson--Boltzmann solver},
author = {Leighton Wilson and Robert Krasny},
journal= {arXiv preprint arXiv:2010.10570},
year = {2020}
}