APBS 生物分子溶剂化软件套件的改进
生物大分子
2017-12-29 v2
摘要
自适应泊松-玻尔兹曼求解器（APBS）软件被开发用于求解大型生物分子组合体的连续介质静电方程，对广泛的化学、生物和生物医学应用研究产生了影响。APBS 解决了生物医学应用中理解溶剂化和静电学的三个关键技术挑战：用于生物分子溶剂化和静电学的准确高效模型，将这些理论应用于生物分子系统的健壮且可扩展的软件，以及在科学界共享和分析生物分子静电数据的机制。为了应对新的研究应用和不断提升的计算能力，自2001年发布以来我们持续更新 APBS 及其配套软件套件。在本手稿中，我们讨论了最近在 APBS 软件包中实现的模型和功能，包括：泊松-玻尔兹曼解析和半解析求解器、优化的边界元求解器、基于几何的几何流溶剂化模型、基于图论的决定 p 值的算法，以及用于查看静电学的改进的基于网络的可视化工具。
引用
@article{arxiv.1707.00027,
title = {Improvements to the APBS biomolecular solvation software suite},
author = {Elizabeth Jurrus and Dave Engel and Keith Star and Kyle Monson and Juan Brandi and Lisa E. Felberg and David H. Brookes and Leighton Wilson and Jiahui Chen and Karina Liles and Minju Chun and Peter Li and David W. Gohara and Todd Dolinsky and Robert Konecny and David R. Koes and Jens Erik Nielsen and Teresa Head-Gordon and Weihua Geng and Robert Krasny and Guo Wei Wei and Michael J. Holst and J. Andrew McCammon and Nathan A. Baker},
journal= {arXiv preprint arXiv:1707.00027},
year = {2017}
}