细菌中反向重复序列的比较基因组学研究
统计力学
2007-05-23 v2 q-bio
摘要
我们研究了在 37 个完整的细菌基因组中观察到的反向重复序列数量。在大多数真细菌中，观察到的反向重复序列数量远高于使用 DNA 序列马尔可夫模型所预期的数量。通过利用基因组中注释的信息，我们发现，在大多数真细菌中，茎长超过 8 个核苷酸的反向重复序列优先定位于最近编码区的 3' 端附近。我们还表明，以茎长较大为特征的反向重复序列优先定位于由两个收敛基因的 3' 端界定的短非编码区中。通过使用最近引入的用于预测细菌基因组中转录终止子的 TransTerm 程序，我们得出结论，在几个基因组中，只有一部分观察到的反向重复序列满足表征不依赖 rho 因子终止的模型要求。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0105479,
title = {Comparative genomics study of inverted repeats in bacteria},
author = {Fabrizio Lillo and Salvatore Basile and Rosario N. Mantegna},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0105479},
year = {2007}
}
备注
10 pages, 6 figures and 3 tables. To be published in Bioinformatics