通过标记测序绘制细菌 5' RNA 末端的全基因组图谱：粪肠球菌的综合视图
基因组学
2015-06-11 v1 生物大分子
定量方法
摘要
粪肠球菌 (Enterococcus faecalis) 是医院感染的第三大病因。为了首次全面了解该细菌的转录组织，我们使用了一种改进的 RNA-seq 方法，能够区分初级 5' RNA 末端和加工后的 5' RNA 末端。我们还通过确认大肠杆菌 (Escherichia coli) 中的已知特征验证了我们的方法。我们在粪肠球菌中定位了 559 个转录起始位点和 352 个加工位点。盲基序搜索检索到了位于已定位 TSS 之前的 SigA 依赖型和 SigN 依赖型启动子的典型特征。我们发现了 95 个新的推定调控 RNA、小 RNA 和反义 RNA，以及 72 个转录反义组织。所呈现的数据构成了对细菌 RNA 景观的重要见解，并迈向了全面推断转录和转录后水平调控过程的一步。
引用
@article{arxiv.1410.1925,
title = {Whole genome mapping of 5' RNA ends in bacteria by tagged sequencing : A comprehensive view in Enterococcus faecalis},
author = {Nicolas Innocenti and Monica Golumbeanu and Aymeric Fouquier d'Hérouël and Caroline Lacoux and Rémy A. Bonnin and Sean P. Kennedy and Françoise Wessner and Pascale Serror and Philippe Bouloc and Francis Repoila and Erik Aurell},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.1925},
year = {2015}
}