Abasy Atlas：细菌跨物种系统、全局网络性质与系统级元素的综合清单

电子编码的注释调控网络数据库的可用性，以及用于发现调控相互作用的高通量技术和方法，为理解这些负责细胞调控的网络的组织与进化原理提供了不可多得的数据来源。然而，这些来源的数据从未超越调控子水平，尽管调控网络是复杂的层次化-模块化结构，仍然挑战着我们的理解。这就需要对多种生物体的系统进行清单编目，这是使比较系统生物学方法变得可行的关键一步。在这项工作中，我们通过绘制多种细菌的功能架构图谱，迈出了向全局理解调控网络组织的第一步。Abasy（跨细菌系统）Atlas提供了一个全面的清单，包含注释的功能系统、全局网络性质和系统级元件（全局调控子、塑造功能系统的模块化基因、基础机器基因和模块间基因），这些元件是通过自然分解方法从跨越大量细菌（包括致病和生物技术相关生物体）的重建和元注释调控网络中预测得出的。元注释调控数据集提供了目前可用的最完整和最可靠的调控相互作用集合。Abasy Atlas包含50个调控网络的系统和系统级元件，涵盖78,649个调控相互作用，涉及42种细菌，分属9个分类群，包含3,708个调控子和1,776个系统。所有这些汇集成了一个庞大的数据集，必将激发研究生成关于系统进化与组织原理以及控制其功能架构的假设。