基因调控网络数据不完整性的拓扑效应
生物物理
2012-02-17 v1 物理与社会
分子网络
摘要
过去十年，生物网络的拓扑分析一直是网络科学中的一个丰硕课题。这种方法的一个持续问题是数据固有的不确定性和噪声性质。这种情况在细菌的转录调控网络（TRNs）中尤为突出。数据集不完整，因为与相当一部分细菌基因相关的调控通路仍然未知。此外，链接的方向、强度和符号有时未知或直接被忽略。最后，推断调控的实验方法高度异质，导致系统性实验-拓扑相关性的出现。然而，可用数据的质量不断提高。在这项工作中，我们利用这些进展来指出数据（不）完整性和质量对TRNs拓扑分析的一些经典结果的影响，特别是在不同层次上的模块性。在此过程中，我们确定了影响先前发现有效性的最相关因素，强调了未来原核生物TRNs拓扑分析的重要注意事项。
引用
@article{arxiv.1202.3619,
title = {Topological effects of data incompleteness of gene regulatory networks},
author = {J. Sanz and E. Cozzo and J. Borge-Holthoefer and Y. Moreno},
journal= {arXiv preprint arXiv:1202.3619},
year = {2012}
}
备注
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