从3'条形码单细胞全转录组扩增产物中富集与表征T细胞受体库

抗原特异性T细胞在免疫调节和癌症等疾病中发挥重要作用。表征编码T细胞特异性的T细胞受体(TCR)序列对于阐明免疫疾病的抗原决定基和设计治疗方案至关重要。然而,获取单细胞TCR测序数据的方法耗时耗力且成本高昂,需要细胞分选和全长单细胞RNA测序(scRNA-seq)。新的高通量3'细胞条形码scRNA-seq方法可以简化并扩展这一过程;然而,它们在建库和测序过程中通常不捕获TCR序列。虽然5'细胞条形码scRNA-seq方法可用于在单细胞分辨率下检测TCR库,但其需要专用试剂,无法应用于先前使用3'细胞条形码方法处理的样本。在此,我们概述了一种从已使用3'细胞条形码scRNA-seq平台处理的样本中对TCR$\alpha$和TCR$\beta$转录本进行测序的方法,确保以单细胞分辨率回收TCR。简而言之,使用生物素化探针从通常用于生成大规模并行3' scRNA-seq文库的3'条形码全转录组扩增(WTA)产物中富集TCR转录本,并使用来自WTA的相同通用引物序列进一步扩增。利用TCR V区引物进行引物延伸和靶向PCR扩增,产生可用定制测序引物测序的3'条形码单细胞CDR3富集文库。结合同一WTA的3' scRNA-seq,该方法能够同时分析单细胞转录组和TCR序列,有助于解释抗原特异性T细胞间的内在异质性和显著的疾病生物学特征。该方法可适用于从3'和5'条形码WTA文库中富集其他感兴趣的转录本。