蛋白质组中统计过度代表的肽段的共表达：系统发育的一把钥匙？
分子网络
2007-05-23 v2 基因组学
种群与进化
摘要
我们提出，蛋白质组序列间统计显著基序的共表达是一种系统发育特征。从一组原核蛋白质组中此类基序的共表达矩阵出发，引入一种合适的系统发育距离定义，并构建相应的蛋白质组间距离矩阵。依据标准流程，由该距离矩阵推断出一棵系统发育树。其与由核糖体 RNA 序列比对所得距离矩阵推导的参考树吻合良好。我们的结果与如下假设一致：生物进化表现为蛋白质序列中存在的短长度共享肽段间基本相关性的调制。此外，我们提出的简单方法再次确认，通过对完整蛋白质组采样，可平均横向基因转移的影响并推断合理的系统发育关系。
引用
@article{arxiv.q-bio/0410011,
title = {Co-expression of statistically over-represented peptides in proteomes: a key to phylogeny ?},
author = {Luca Ferraro and Andrea Giansanti and Giovanni Giuliano and Vittorio Rosato},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0410011},
year = {2007}
}
备注
Minor typos corrected, partly rewritten conclusions and bibliography added