组蛋白修饰的变点分析揭示连接物理结构域的表观遗传区块
基因组学
2014-05-12 v2 定量方法
应用统计
摘要
组蛋白修饰是真核生物转录调控的关键表观遗传机制。近年来，高通量技术使得全基因组组蛋白修饰分析成为可能。然而，大多数研究假设一种组蛋白修饰组合无论局部染色质环境如何，均不变地对应一种转录输出。在本研究中，我们假设基因组被组织成局部结构域，这些结构域表现出相似的组蛋白修饰富集模式，从而协调调控具有相关生物学功能的基因表达。我们提出了一种多变量贝叶斯变点（BCP）模型，基于组蛋白标记的组合模式将黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）基因组分割为连续的区块。通过利用零膨胀高斯混合模型对染色体上组蛋白标记的稀疏分布进行建模，我们的划分捕捉到了表现出相对均一组蛋白修饰富集模式的局部 BLOCK。我们进一步通过转录水平、基因分布、共调控程度和 GO 富集对 BLOCK 进行了表征。我们的结果表明，这些仅从组蛋白修饰推断出的 BLOCK 与物理结构域显示出强烈的相关性，这表明它们在染色质组织和协调基因调控中发挥着重要作用。
引用
@article{arxiv.1309.5337,
title = {Change Point Analysis of Histone Modifications Reveals Epigenetic Blocks Linking to Physical Domains},
author = {Mengjie Chen and Haifan Lin and Hongyu Zhao},
journal= {arXiv preprint arXiv:1309.5337},
year = {2014}
}
备注
23 pages, 6 figures